Die Masterarbeit belegt die Fähigkeit der Absolvierenden, ein Problem aus dem Pflegebereich systematisch unter Anwendung wissenschaftlicher Methoden und unter Einbezug von Projektmanagementkompetenzen zu bearbeiten. Die Masterarbeit dauert zwei Jahre: im ersten Jahr schreiben die Studierenden einen Forschungsantrag (Proposal), das zweite Jahr ist der Datenerhebung, Analyse und dem Schreiben der Arbeit gewidmet. Die Studierenden werden dabei von mindestens zwei Fachexpert:innen begleitet und beurteilt. Die Themen stammen meist aus dem Forschungsportfolio des INS oder von den Akademie-Praxis-Partnern. Studierende der Vertiefungsrichtung NP verfassen eine Masterarbeit, die ihre Rolle konzipiert, impementiert und evaluiert. 

Durch die direkte Relevanz für die Pflegepraxis werden die Masterarbeiten oft in nationalen oder internationalen Zeitschriften und Fachmagazinen veröffentlicht.

Mit der erfolgreich abgeschlossenen Masterarbeit erlangen die Absolvierenden den Titel Master of Science in Nursing der Medizinischen Fakultät der Universität Basel.

Die Stiftung Pflegewissenschaft Schweiz verleiht einen Preis für die beste Masterarbeit in Pflegewissenschaft der Universität Basel. Die Vergabe des Preises erfolgt im Regelfall jährlich im Rahmen der Graduierungsfeier des Instituts für Pflegewissenschaft der Universität Basel. 

Über die Verleihung des Preises entscheidet eine wissenschaftliche Jury.